清代开垦初期，因地势较低，水源丰沛且土壤肥沃，得以栽种一亩亩的绿色田园，因此以「菜园」命名。菜园位於澎湖本岛的西南方，临接内海东北侧内湾，拥有丰富的海洋资源，因而形成多元化的生态园区，包含养殖渔业、湿地生态、珊瑚浅坪等。

菜园渔港和所有渔港一样都有出海打捞的新鲜鱼获，但此处最大的特色是兴盛的养殖渔业-牡蛎，近海箱网养殖，并已结合休闲观光，发展出烤生蚵、喂海鲡等活动，让游客在海上体验喂鱼的乐趣，品尝美味海鲜。